Três diretores integram o Conselho Técnico-Administrativo. Eles são responsáveis pela gestão executiva da fundação e nomeados pelo Governador do Estado a partir da lista tríplice apresentada pelo Conselho Superior. A lista tríplice é formada a partir de indicações da Comunidade Científica. O representante legal da instituição é o Diretor-presidente do Conselho Técnico-Administrativo.

Composição do Conselho Técnico-Administrativo:
 

Diretor-presidente - Odir Antônio Dellagostin

http://lattes.cnpq.br/4649853685495071

Graduado em Medicina Veterinária pela UFPel, tem doutorado em Biologia Molecular pela University of Surrey - Inglaterra e pós-doutorado pela mesma Universidade. Professor da UFPel desde 1997 e pesquisador nível 1A do CNPq desde 2007. É membro titular da Academia Brasileira de Ciências. Já publicou mais de 250 artigos científicos. Orientou mais de 60 teses e dissertações. Foi Pró-Reitor de Pesquisa e Pós-Graduação da UFPel, membro do Comitê Assessor de Veterinária do CNPq e Coordenador da área de Biotecnologia da CAPES, integrando o Conselho Técnico-Científico da CAPES de 2014 a 2018. Atualmente é Diretor Presidente da FAPERGS e Presidente do CONFAP - Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa. É também membro do Conselho Deliberativo do CNPq e preside o Conselho de Administração do Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE).

Diretor Administrativo-financeiro - Mauro Mastella 

http://lattes.cnpq.br/2242635843474534

Bacharel em Administração de Empresas pela UFRGS. Mestre em Administração - área de concentração: Contabilidade e Finanças pelo Programa de Pós-Graduação em Administração da UFRGS. Doutor em Administração - área de concentração: Contabilidade e Finanças pelo Programa de Pós-Graduação em Administração da UFRGS. Diretor Administrativo Financeiro na FAPERGS (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul). Professor Adjunto junto à Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA). Foi professor Adjunto junto à UERGS e Professor Substituto junto à UFRGS. Atuou como docente convidado em cursos de pós-graduação em diversas entidades, tais como FARGS, IBGEN, APIMECSul, Universidade FEEVALE, FAPA, UCPel e UNISINOS. Pesquisador da área de finanças corporativas, mercado de capitais, governança corporativa, administração pública e gestão em saúde.

Diretor Técnico-científico - Rafael Roesler

http://lattes.cnpq.br/6516219295405539

Graduado pelo Instituto de Biociências da UFRGS, com o título de Bacharel em Biofísica. Tem mestrado e doutorado em Bioquímica pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS). Realizou pós-doutorado na área de neurobiologia no Department of Neurobiology and Behavior da University of California at Irvine, na região de Los Angeles, Califórnia. É Professor Titular do Departamento de Farmacologia da UFRGS e foi vice-diretor do Parque Científico e Tecnológico e Pró-Reitor de Pesquisa da UFRGS e membro do Conselho Superior da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul (FAPERGS). Ocupa atualmente o cargo de Diretor Técnico-Científico da FAPERGS.