Três diretores integram o Conselho Técnico-Administrativo. Eles são responsáveis pela gestão executiva da fundação e nomeados pelo Governador do Estado a partir da lista tríplice apresentada pelo Conselho Superior. A lista tríplice é formada a partir de indicações da Comunidade Científica. O representante legal da instituição é o Diretor-presidente do Conselho Técnico-Administrativo.

Composição do Conselho Técnico-Administrativo:
 

Diretor-presidente - Odir Antônio Dellagostin

Diretor Administrativo-financeiro - Mauro Mastella 

Diretor Técnico-científico - Rafael Roesler